笛卡儿的《第一哲学沉思集》是上述方法的应用。该书包括六个沉思，前三个沉思用分析方法，建立第一原则“我思”（cogito）和第一原因“上帝”，后三个沉思用综合方法，从简单推导复杂，得到关于外部世界的知识。

普遍怀疑

笛卡儿认为，现有的一切知识都是不可靠的，因为它们建立在不可靠的基础之上。为了重建知识，必须找到一个坚实可靠的基础。笛卡儿的打击策略是怀疑的方法，凡是不能通过怀疑的推敲的原则，都要被排除在知识的基础之外。

笛卡儿的怀疑是普遍的。被怀疑的对象与梦境事物有关，人们一般认为不可怀疑的确定性，都在怀疑之列，包括：周围世界、我的身体和数学的观念。

其次，我们对自己身体活动的感觉好像是确定无疑的；但是，我们在梦中对自身亦有感觉，我们不知道如何区别梦中的感觉和清醒的感觉。

笛卡儿的怀疑是彻底的，即使像数学观念这样明白、清楚的对象，也是可以怀疑的。笛卡儿指出，数学是我们思想的对象，但思想的对象是可以怀疑的；因为可能有一个“邪恶的精灵”，他恶作剧般地把一个根本不存在的对象置于我们的心灵之中，使之成为我们思想的对象，但这些对象不是思想的产物，而来自一个错误的根源。哲学家一直在追问数学基础的问题：数的观念是从哪里来的？它们有无外部原因？有无客观的实在与之相对应？因为对这些问题尚无确定的答案，我们无法肯定数学的观念是清楚明白、确定无疑的。就是说，未经哲学的论证，自身基础不稳的数学不能成为知识的第一原则。

从方法论的角度看，笛卡儿的普遍怀疑属于分析的范畴。他的分析从复杂的现象（关于周围世界的观念）开始，经过比较简单的现象（关于我们自身的观念），达到简单的数学观念。根据分析要考虑一切可能性的规则，笛卡儿还要考察最后剩下的一个可能性：思想能否怀疑自身？笛卡儿的回答是否定的，从而找到了一个不可怀疑的第一原则。

“我思故我在”

笛卡儿说，思想可以怀疑外在对象，也可以怀疑思想之内的对象，但却不能怀疑自身。思想自身是思想的活动，当思想在怀疑时，思想可以怀疑思想的一切对象和内容，但却不能怀疑“我在怀疑”，否则的话，怀疑就无法进行。并且，怀疑活动一定要有一个怀疑的主体，“我”就是怀疑活动的主体；这样，由于想到我在怀疑，可以确定地知道作为怀疑主体的“我”是存在的。

笛卡儿由这一分析得出了一个普遍的结论：“我思故我在”（Cogito, ergo sum /I think, therefore I am）。这个命题有两个部分：“我思”和“我在”。“我思”指思想活动。笛卡儿说：“什么是在思想的东西呢？就是在怀疑、理解、理会、肯定、否定、愿意、不愿意、想象和感觉的东西。”必须注意的是，“我思”包括一切意识活动，不管是理性的，还是感性的，或是情感的，都属于“我思”。更重要的是，“我思”是没有内容的纯粹活动，如果它是有具体内容和对象的思想，那么它也就是可以怀疑的了。或者更确切地说，“我思”是以意识活动为对象的自我意识，即后来哲学家所说的反思的意识。就是说，思想的活动同时是反思的活动，当我在看、在想的时候，我必须同时意识到我进行这样的活动，由此，笛卡儿没有区分思想活动与对于这一活动的意识。当我在看或在想的时候，我可以不看、不想任何对象，但对于“我在看”或“我在想”的活动，却不可能没有意识。

笛卡儿又说，思想的主体和反思的主体是同一个主体，主体就是实体。“我思”和“我在”之“我”是同一个实体。“我思故我在”中的“故”表示的不是两个实体之间的因果关系，而是本质和实体之间的必然联系。

笛卡儿认为，人们只能通过属性来认识实体，每一个实体都有一个特殊的属性，这就是它的本质。从自我的思想活动，我们可以得到自我必然存在的结论。就是说，“自我”是一个这样的实体，“这个实体的全部本质或本性只是思想”。

真理的标准

“我思故我在”是笛卡儿全部哲学的出发点。这个命题的意义在于确定了自我是一个思想实体，但它并没有告诉我们思想的具体内容。笛卡儿下一步的工作是从这个我们迄今为止唯一可以确定的命题出发，推导出其他的确定的知识。我们需要了解，从自我实体出发的推导不是仅仅在思想范围里的演绎，它需要从自我的思想领域过渡到思想以外的实在领域。思想与实在是两个不同性质的系列，需要运用笛卡儿提倡的“普遍数学”的“度量”克服不同性质的系列之间的隔阂。如前所述，数学的“度量”在形而上学中是一种比较。为了进行比较，我们需要一个共同的标准，一个“公度”，这样才能衡量不同性质的对象。

为了确定这个标准，笛卡儿诉诸他已确立的第一原则。他认为，“自我”观念本身就是一个标准，即，一切像“自我”那样自明的观念都是真观念。这一规则的建立是笛卡儿的方法的转折点，使得他能够从分析过渡到综合，使得他能够用这个标准衡量那些复杂的对象。按照这个标准，那些在分析的步骤中被怀疑的观念重新被确定为真观念。比如，在普遍怀疑的步骤中，数学观念的简单、明白不足以为真，因为它们缺乏根据，我们不知道它们何以为真。在综合的步骤中，通过“自我”观念的比较，清楚明白的数学观念的真实性最终被确立。

笛卡儿把所有的观念分为三类：天赋的、外来的、虚构的。这是按照观念的不同来源而做出的区分。虚构的观念是思想自己制造出来的，天赋的和外来的观念都是由思想以外的原因所造成的。因此，上述三种观念可合并为两种：思想自己制造出来的和由外部原因造成的。笛卡儿接着证明，思想自己制造出来的观念是不真实的，而在外部原因所造成的观念中，有一些是真实的，有一些是不真实的。前者指上帝造成的观念，后者指可感事物造成的观念。

关于上帝存在的证明

笛卡儿生活在基督教传统之中，他理所当然地肯定每一个人都有一个明白、清楚的“上帝”观念。“上帝”是一个真观念，这对笛卡儿而言是不成问题的。他的问题是：“上帝”观念是从哪里来的呢？是我们的思想自己制造出来的呢，还是由一个外部原因造成的呢？

笛卡儿说，“上帝”的观念具有无限的完满性，“自我”的观念只有有限的完满性，从“自我”的有限性不可能产生关于“上帝”的无限性。笛卡儿的理由是，原因的现实性不可能小于结果的现实性。这种因果观在中世纪已经出现，但把它运用于“上帝”观念与这一观念的原因之间的比较，却是笛卡儿的发明。根据这样的因果观，“无限完满性”的观念只能是“无限完满性”的现实所产生的结果。因此，必定有一个无限完满的上帝存在，他把关于自身的观念赋予人类，产生出关于“上帝”的天赋观念。

笛卡儿关于上帝存在的证明是安瑟尔谟的本体论证明的一个新版本，他们都从“上帝”观念的绝对完满性推出上帝的真实存在。不同的是，安瑟尔谟认为“绝对完满性”与“真实存在”之间有逻辑必然关系，因此可以从前者推出后者；笛卡儿则认为此两者是结果与原因的关系，由结果追溯原因是从简单到复杂的思想综合，而不是逻辑推理。

从“我思故我在”到“上帝存在”完成了两个不同性质对象的系列之间的“跳跃”。“我思”是单纯的思想原则，“上帝”是实在的原因。从思想的第一原则到论证上帝存在的过程建立了从思想到实在的过渡。从上帝这个真实世界的首要原因出发，我们关于外部世界的知识的确定性也就有了保证。

“广延”的观念

笛卡儿所说的“天赋观念”有三个标志：来自上帝、明白清楚、与实在相符合。我们已经看到，“上帝”的观念具有这三个标志。除此以外，我们关于广延的观念也是天赋的，因为它也有这三个标志。所谓广延，不是指具体事物的形状大小；即使世界上没有三角形的事物，我们也会有三角形的观念；另外，我们关于事物形状的感觉可能是模糊的，但我们关于某一个形状，如三角形、四边形等，却是明白、清楚的。

造成广延的观念的原因既然不是我们的心灵或外部事物，那么它只能是上帝。就是说，广延的观念是上帝在我们的心灵中造成的。这就保证了我们关于广延的观念能够与外部事物相符合。笛卡儿说，上帝既然是无限完满的，他绝不可能欺骗我们。因此，上帝在我们的思想中产生的观念必定是真实的，这就是我们关于广延的天赋观念必定与外部事物的形状相符合的原因所在。

笛卡儿说，我们关于外物的数目、形状、运动的观念是确定的。这些东西的真理性表现得非常明显，与我的本性非常相合，因而我开始发现它们时，并不觉得自己领会了什么新的东西，倒像是记起了我以前已经知道的东西；就是说，我觉察到了一些东西，这些东西已经在我心中。

“已经在我心中”的东西即是我们关于广延的观念，我们关于外物的感觉印象只有和这一天赋观念相符合，才是可靠的。此时的笛卡儿不再怀疑我们关于外物的知识的可靠性，被普遍怀疑所否定的外部世界的确定性，在新的基础上又重新建立起来。

不管在思想的哪一个步骤中，笛卡儿都不承认“眼见为实”，相反，他极力说明感觉的不可靠。以对蜡块的感觉为例.这些可感性质依照外部条件的变化而变化，它们都不是蜡块的本质属性。“把所有不属于蜡的东西都一齐除掉……剩下的只不过是有广延、有弹性、可以变动的东西。”这些与广延有关的东西在任何条件下都属于蜡块，是蜡块的本质。并且，这个本质是通过思想才能把握的，我们对它的认识来自“广延”这一天赋观念。

蜡块的例子还说明，一切外物的本质不是它们的可感性质，而是与我们的天赋观念相符合的广延。我们还记得，笛卡儿在说明心灵实体与属性关系时提出的原则：不同的实体有不同的属性，实体的存在要通过它的本质属性来证明。根据这个原则，我们可以知道，广延属于一个与心灵实体不同的实体，这个以广延为它的本质属性的实体就是物质。世界上一切有形的事物都是物质实体。

心物二元论

我们在上面看到，笛卡儿认为天赋观念是真理的来源，外物刺激造成的感觉是不可靠的，但是，感觉本身并不是错误，只是由于我们对于感觉的判断才造成错误。归根结底，错误的观念是我们的心灵制造出来的。笛卡儿把“我思故我在”作为哲学的第一原则，把心灵实体作为最先确定的认知对象，把天赋观念作为知识的基础，这些认识论的观点被称为唯理论。很多人认为唯理论是唯心论，这是一种误解。唯心论是一种把心灵实体或人的主观意识作为实在和真理的来源的观点。笛卡儿既没有把心灵实体作为外部实在的源泉，又不认为真理是心灵制造出来的，他的唯理论与唯心论的基本立场没有必然联系。相反，他认为真理的来源是心灵以外的原因造成的观念（即天赋观念）；那些没有外部原因的、仅靠心灵造成的观念是错误的原因，这是一种与唯心论有别的实在论的立场。

为什么说心灵是错误的根源呢？笛卡儿对于错误的根源有一个形而上学的解释。他说，人的心灵是介于上帝和虚无之间的存在，心灵分辨真假的能力不是无限的，它是介于无限的能力和无限的缺陷之间有限的认识能力。这意味着，心灵有时会犯错误，这是不可避免的。意志不但有不受限制的自由，而且它还能限制判断，判断是意志在肯定和否定之间的选择。当意志不顾理智提出的清楚明白的观念而做出判断，或者对不清楚明白的对象匆忙做出判断时，便产生了错误。错误来自非理性的意志，是由心灵自身的缺陷所造成的。

心灵还包括欲望，还可能造成伦理上的恶。恶与错误一样，也是由心灵的非理性因素造成的；当欲望追求那些从理智看来不正当的对象时，恶也就产生了。笛卡儿看出了心灵中理性和非理性因素的对立，但他是理性主义者，要求用理性克服非理性，使非理性服从理性。

笛卡儿主义

笛卡儿建立了近代哲学的第一个体系，他被称为“近代哲学之父”是当之无愧的。他以“普遍数学”为方法论，按照分析和综合的方法论规则，把“自我”作为第一原则，建立了“明白清楚”的真理的内在标准，一步一步地推导出关于心灵、上帝和物质的确定知识。他的哲学体系像数学的公理体系一样，有简洁、严格与和谐之美。他的天赋观念论、理智至上的立场，以及身心二元论都表现了唯理论的基本特征，对后来哲学产生了巨大影响。

笛卡儿不如培根那样幸运，他的哲学比培根哲学遭到更多、更加激烈的反对。笛卡儿在发表《第一哲学沉思》时，在书后附有六组驳难，其中四组来自神学家，其余分别来自霍布斯和伽桑狄。经院哲学的传统在欧洲大陆比在英国更加牢固，神学家们敏感地对笛卡儿的新哲学做出了激烈的批判，天主教会还把笛卡儿的著作列为禁书。

法国笛卡儿主义代表是马勒伯朗士（Nicolas Malebranche,1638—1715年）。马勒伯朗士突出了理性和感性、理智与意志和欲望的对立，他把上帝作为哲学的第一原则和直接原因，以此来解决身心关系问题。他说，身心的协调一致是一种“机缘”。在身体活动的每一时机，心灵也发生对应活动，反之亦然。但两者并无因果关系，也不互相影响。正如始终保持同步运行的两个钟一样，身心之间的一致性只是一种机缘。这种同步的机缘对于人的理智而言是偶因，但偶因不是无缘无故的，它包含在上帝的心灵之中。身心机缘的真正原因是上帝的安排，上帝好比是两个钟的设计师、启动者一样，事先把两种不能相互作用和影响的实体的活动安排成同步发生，协调一致。