笛卡儿生活在新旧知识交替的时代，他首先从方法论的角度，摧毁旧的经院哲学体系的基础，同时证明新兴的自然科学的合法合理性。他的《方法谈》和培根的《新工具》一样，为理性时代制定了新的“游戏规则”。

普遍数学

笛卡儿坚持统一的科学观，所有科学门类都统一于哲学。他把哲学比作一棵大树，树根是形而上学，树干是物理学（自然哲学），树枝是医学、力学、伦理学等应用学科。

那么，哲学如何能够统一各门科学呢？笛卡儿的回答是，科学的统一性不在研究对象，而在于方法，哲学首先要研究科学方法。他认为数学方法是普遍适用的一般方法，但数学家却没有对数学的方法进行反思，对它反思是哲学家的任务。笛卡儿称科学的方法为“普遍数学”（mathesis universalis）。

普遍数学把数学最一般的特征运用到其他学科。数学的一般特征有二：“度量”和“顺序”。这两个特征在运用于更大范围时，需要从哲学上加以界定，使它们获得更普遍的意义。数学的“度量”只是量与量之间的比较。在数学以外的领域，我们可以把度量转化为不可量化的对象之间同与异的比较。比如，哲学研究的对象不是同质的，没有一个统一的衡量尺度，但我们可以通过概念的比较，把握不同的对象之间在性质和程度上的相似和差异。

科学研究的顺序有两种：一是从简单到复杂的综合，一是从复杂到简单的分析。在数学中，研究对象是同质的，这两种方法是可逆的。但在形而上学关于因果关系的研究中，终极原因是无限的上帝，被造的事物是有限的，原因和结果是不同质的，处于不同系列，因此，形而上学不能诉诸无限的第一原因，从中推导出所有结果，而需要找到一个确定无疑的简单的出发点，由此建构出关于原因和结果的知识。就是说，形而上学的方法首先是分析，寻找确定的第一原则，然后再运用综合，从第一原则推导出确定的结论。

方法论规则

按照先分析后综合的顺序，笛卡儿建立起四条方法论的规则：

  • 第一，决不接受我没有确定为真的东西；

  • 第二，把每一个考察的难题分析为细小部分，直到可以适当地、圆满解决的程度为止；

  • 第三，按照顺序，从最简单、最容易认识的对象开始，一点一点地上升到对复杂对象的认识；第四，把一切情况尽量完全地列举出来。

上述规则的第一条说明分析的必要性，指出分析的目的是找到无可怀疑的、确定的“阿基米德点”；第二条说明分析是由复杂到简单的过程，分析的结果要尽可能地细致，细致到可以加以满意地解决的程度为止；第三条指综合的过程，从分析的结果出发，由简单的、确定的真理一步一步推导到复杂的道理；第四条指分析和综合的过程不能半途而废，分析要彻底，综合也要全面，才能达到完全的真理。这四条规则都没有经验感觉的地位，分析和综合都是理性的方法。